Program Studi Teknik Indutri UIN Sunan Kalijaga merupakan salah satu program studi yang banyak peminatnya sejak pertama kali dibuka pada tahun 2005. Saat ini Program Studi Teknik Industri UIN Sunan Kalijaga terakreditasi dengan peringkat "UNGGUL" yang berlaku mulai tanggal 21 Agustus 2023 sampai dengan 20 Agustus 2028 berdasarkan Keputusan LAM Teknik No. 0286/SK/LAM Teknik/AS/VIII/2023, Program Studi Teknik Industri UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.

Program Studi Teknik Industri UIN Sunan Kalijaga telah menerapkan kurikulum KKNI dengan dukungan sarana dan prasarana yang memadai bagi mahasiswa. Kurikulum yang digunakan pada Program Studi Teknik Industri UIN Sunan Kalijaga memiliki ciri khas "INDUSTRI HALAL".